Universidade Estadual de maringá – NUpÉLIA

AMB-36 - tópicos especiais:  métodos de análise de dados em ecologia de comunidades

16 a 20 de agosto de 2010

 

Prof. Adriano Sanches Melo

Dep. Ecologia, ICB,

Universidade Federal de Goiás

asm. Adrimelo naquele gmail.com

www.ecologia.ufrgs.br/~adrimelo

www.ecologia.ufrgs.br/~adrimelo/div

 

Ementa: Introdução ao uso do ambiente R. Uso de fórmulas em planilhas eletrônicas. Índices de riqueza. Rarefação. Curvas de acumulação de espécie. Ajuste de funções não-lineares. Estimativas de riqueza de espécies em comunidades e em tamanhos amostrais extrapolados. Índices e séries de diversidade. Diversidade alfa, beta e gama. Formas de mensurar diversidade beta. Partição aditiva da diversidade. Índices de Similaridade. Teste de Mantel. Análise 'bioenv'. Análises de Variância Multivariada baseadas em distância. Análises de co-ocorrência de espécies. Análises de aninhamento.

 

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Programação

 

 

Segunda (16)

08:30-12:00hs

 

 

 

 

 

 

14:00-17:30hs

Introdução                                                   Aula         Aula-folheto         

Objetivos de quantificar a diversidade: a) Teoria  e  b) Aplicações

Todos grupos são interessantes

Diversidade e estatística; Uso de métodos de diversidade em trabalhos

Uso de formulas no MS Excel

Introdução ao programa R. Noções de programação.

 

Exercícios

 

 

Terça (17)

08:30-12:00hs

 

 

 

 

14:00-17:30hs

Riqueza de espécies                              Aula         Aula-folheto

Índices de riqueza

Curvas de acumulação de espécies

Rarefação

 

Exercícios

 

 

Quarta (18)

08:00-09:30hs

 

 

 

 

 

 

14:00-17:30hs

Estimativas de riqueza na comunidade       Aula         Aula-folheto

Estimativas de riqueza numa amostra maior

Índices de diversidade

Série de Hill

Índices de equabilidade

Exercícios

                                  

Diversidade alfa, beta e gama                       Aula        Aula-folheto

Formas de mensurar diversidade beta

Partição aditiva da diversidade

Exercícios

 

 

Quinta (19)

08:30-12:00hs

 

 

 

 

14:00-17:30hs

Índices de Similaridade                                Aula        Aula-folheto                     

Teste de Mantel

Análise Bioenv

Exercícios

 

Manova(s)-d                                                  Aula        Aula-folheto

Exercícios

                                                                                                           

 

Sexta (20)

08:30-12:00hs

 

 

 

 

14:00-17:00hs

Modelos nulos                                             Aula       Aula-folheto

Análises de co-ocorrência de espécies

Análises de aninhamento

Exercícios

 

Resolução de dúvidas

 

 

 

Bibliografia sugerida

Segunda

Venables, W.N., D.M. Smith e The R Development Core Team. 2003. An introduction to R. Notes on R: A Programming Environment for Data Analysis and Graphics. Arquivo no formato pdf dentro do programa R, disponível em www.r-project.org (também disponível na pasta da disciplina) PDF.

Monteiro, L.R. e J.L. Gomes Jr (colaborador). 2006. Introdução à biometria utilizando R. Laboratório de Ciências Ambientais, UNiversidade Estadual do Norte Fluminense, disponível em http://www.r-project.org/ (também disponível na pasta da disciplina) PDF.

 

 

Terça

Gotelli, N.J. e R.K. Colwell. 2001. Quantifying biodiversity: procedures and pitfalls in the measurement and comparison of species richness. Ecology Letters 4: 379-391. PDF

Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Pub.,Oxford (Cap. 5).

  

 

Quarta

Estimadores de riqueza

Colwell, R.K. e J.A. Coddington. 1994. Estimating terrestrial biodiversity through extrapolation. Philosophical Transactions of the Royal Society series B 345:101-118.. PDF

Melo, A.S., R.A.S. Pereira, A.J. Santos, G.J. Shepherd, G. Machado, H.F. Medeiros e R.J. Sawaya. 2003. Comparing species richness among assemblages using sample units: why not use extrapolation methods to standardize different sample sizes? Oikos 101: 398-410.  PDF

Melo A.S. 2004. A critique of the use of jackknife and related non-parametric techniques to estimate species richness. Community Ecology 5: 149-157. PDF

 

Índices de diversidade

Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Pub.,Oxford (Cap. 4).

Melo, A.S. 2008. O que ganhamos ‘confundindo’ riqueza de espécies e equabilidade num índice de diversidade? Biota Neotropica 8(3)  http://www.biotaneotropica.org.br/v8n3/pt/abstract?point-of-view+bn00108032008

Peet, R.K. 1974. The measurement of species diversity. Annual Review of Ecology and Systematics 5: 285-307.  PDF

 

Índices de equitabilidade

Beisel, J-N., P. Usseglio-Polatera, V. Bachmann e J.C. Moreteau. 2002. A comparative analysis of evenness index sensitivity. International Review of Hydrobiology 88: 3-15. PDF

 

Série de Hill

Tóthméréz. B. 1995. Comparison of different methods for diversity ordering. Journal of Vegetation Science. 6: 283-90. PDF

Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Pub.,Oxford (Cap. 5, pp 148-149).

Mendes, R.S, L.R. Evangelista, S.M. Thomaz, A.A. Agostinho e L.C. Gomes. 2008. A unified index to measure ecological diversity and species rarity. Ecography 31: 450-456. PDF

 

Diversidade Alfa, Beta e Gama

Anderson, M.J., K.E. Ellingsen e B.H. McArdle. 2006. Multivariate dispersion as a measure of beta diversity. Ecology Letters 9: 683-693. PDF

Gering, J.C. e T.O. Crist. 2002. The alpha-beta-regional relationship: providing new insights into local-regional patterns of species richness and scale dependence of diversity components. Ecology Letters 5: 433-444. PDF

Koleff, P., K.J. Gaston e J.J. Lennon. 2003. Measuring beta diversity for presence-absence data. Journal of Animal Ecology 72: 367-382.  PDF

Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Pub.,Oxford (Cap. 6).

Tuomisto, H. 2010. A diversity of beta diversities: straightening up a concept gone awry. Part 1. Defining beta diversity as a function of alpha and gamma diversity. Ecography 33: 2-22. PDF

Tuomisto, H. 2010. A diversity of beta diversities: straightening up a concept gone awry. Part 2. Quantifying beta diversity and related phenomena. Ecography 33: 23-45. PDF

Veech, J.A., K.S. Summerville, T.O. Christ e J.C. Gering. 2002. The additive partitioning of species diversity: recent revival of an old idea. Oikos 99: 3-9. PDF

 

 

Quinta

Índices de Similaridade

Wolda, H. 1981. Similarity indices, sample size and diversity. Oecologia 50: 296-302. PDF

 

Análise 'bioenv'

Clarke, K. e M. Ainsworth. 1993. A method of linking multivariate community structure to environmental variables. Marine Ecology Progress Series 92: 205-219.

                                  

Manova-d

Anderson, M.J. 2001. A new method for non-parametric multivariate analysis of variance. Austral Ecology 26: 32–46. PDF

Pillar, V.D. e L. Orlóci. 1996. On randomization testing in vegetation science: multifactor comparisons of relevé groups. Journal of Vegetation Science 7: 585-592. PDF

Warton, D. e H. Hudson. 2004. A MANOVA statistics is just as powerful as distance-based statistics, for multivariate abundances. Ecology 85: 858-874. PDF

 

 

Sexta

Modelos nulos e análises de co-ocorrência de espécies

Gotelli, N.J. 2000. Null models analysis of species co-occurrence patterns. Ecology 81: 2606-2621. PDF

Gotelli, N.J. e G.L. Entsminger. 2005. EcoSim: Null models software for Ecology (a seção de ajuda sobre co-ocorrência é excelente) http://www.garyentsminger.com/ecosim/index.htm

Gotelli, N.J e G.R. Graves. 1996. Null Models in Ecology. Smithsonian Inst. Press. (Cap. 7). http://www.uvm.edu/~ngotelli/nullmodelspage.html

 

Análises de aninhamento

Almeida-Neto, M., P. Guimarães, P.R. Guimarães Jr.,R.D. Loyola e W. Ulrich. 2008. A A consistent metric for nestedness analysis in ecological systems: reconciling concept and measurement. Oikos 117: 1227-1239. PDF

Ulrich, W., M. Almeida-Neto e N.J. Gotelli. 2009. A consumer's guide to nestedness analysis. Oikos 118: 3-17. PDF